Что в итоге стало со Стоуном.

После войн прошли годы, естественно часть трансформеров на обоих сторонах погибла, а один единый народ превратился в два: те кто стали на сторону Прайма, Автоботы, а те кто стали на сторону Мегатрона, Десептиконы.
Среди них конечно были и нейтралы, но к сожалению все они погибли.

УльтраМагнус: это всё из-за тебя, Стоун! Из-за тебя началась эта война!

Элита: его надо наказать за то что он подвергает наш народ опасности!

Ретчет: я абсолютно согласен с Элитой.

Уилджек: поддерживаю Ретчета.

И после этих слов со всех сторон Автоботы начали кричать о том что поддерживают Элиту.

Оптимус Прайм: я знаю как его можно наказать, при этом не убивая. Надо изгнать его.

Что ж, сказать что все согласились конечно нельзя, но большинство поддержало Прайма. И Стоун был изгнан из народа Автоботов на всегда.