1. Начало и финал
Сэм Фишер приходит на кладбище к могиле своей дочери, где его арестовывают сотрудники АНБ по обвинению в терроризме и убийстве Ламберта. Сэм понимает, что его кто-то подставил. Во время допросов Фишер вспоминает своё прошлое. Он вспоминает 1992 год, когда он ещё был в отряде «Морских котиков» и был направлен на задание в Колумбию. Его командиром был Дуглас Шетланд, которого позже берут в плен. Нарушив приказ командования, Фишер спасает Шетланда. Затем идёт 1999 год. Ещё работая в ЦРУ, Фишер проводит в Югославии совместную с АНБ диверсию, а также участвует в операции по освобождению заложников. Командиром этой миссии был Ирвинг Ламберт. Внезапно Уилльям Реддинг замечает, что некоторые данные Сэма не соответствуют его реальной карьере, и что помощник директора АНБ — Лоуренс Уильямс подделал их. Но Гримсдоттир слила доказательства невиновности Сэма на диск, после чего тот забрал Уильямс. В конце игры Фишер признаётся Анне Гримсдоттир, что виновен в смерти Ламберта и что это было неофициальное прикрытие, о котором знал только Ламберт.